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mri-sequences

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mri-sequences [2023/02/23 13:11] – created jonasmri-sequences [2024/02/19 14:52] (current) – ari
Line 1: Line 1:
-==== MPRAGE ====+===== Structural ===== 
 +==== T1-weighted ==== 
 +=== MPRAGE ===
 High resolution, T<sub>1</sub>-weighted, structural MRI High resolution, T<sub>1</sub>-weighted, structural MRI
  
Line 13: Line 15:
 | Flip angle               | 9 deg                                                         |  | Flip angle               | 9 deg                                                         | 
 | Parallel imaging         | GRAPPA \\ Acceleration factor PE: 2 \\ Reference lines PE: 24 | | Parallel imaging         | GRAPPA \\ Acceleration factor PE: 2 \\ Reference lines PE: 24 |
 +
 +====T2-weighted====
 +=== Turbo Spin Echo (TSE) ===
 +Quick, high (in-plane) resolution, T<sub>2</sub>-weighted, structural MRI (for incidental findings)
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 1 min 38 s                                                    |
 +| Type                     | 2D                                                            |
 +| Slices                   | 29                                                            |
 +| Slice thickness          | 4 mm                                                          |
 +| Slice gap                | 30% (1.2 mm)                                                  |
 +| FOV                      | 220 mm x 220 mm                                               |
 +| Matrix                   | 320 x 320                                                     |
 +| Resolution               | 0.7 mm x 0.7 mm                                               |
 +| TR                       | 5060 ms                                                       |
 +| TE                       | 102 ms                                                        |
 +| Flip angle               | 140 deg                                                       | 
 +| Parallel imaging         | GRAPPA \\ Acceleration factor PE: 2 \\ Reference lines PE: 26 |
 +
 +=== TSE FLAIR ===
 +High (in-plane) resolution, T<sub>2</sub>-weighted, 'dark-fluid', structural MRI (for incidental findings)
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 4 min 32 s                                                    |
 +| Type                     | 2D                                                            |
 +| Slices                   | 25                                                            |
 +| Slice thickness          | 4 mm                                                          |
 +| Slice gap                | 30% (1.2 mm)                                                  |
 +| FOV                      | 220 mm x 220 mm                                               |
 +| Matrix                   | 256 x 256                                                     |
 +| Resolution               | 0.9 mm x 0.9 mm                                               |
 +| TR                       | 9000 ms                                                       |
 +| TI                       | 2500 ms                                                       |
 +| TE                       | 100 ms                                                        |
 +| Flip angle               | 150 deg                                                       | 
 +
 +===== Diffusion MRI =====
 +High resolution, T<sub>1</sub>-weighted, structural MRI
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 8 min 52 s                                                     |
 +| Type                     | 2D (Axial slices)                                          |
 +| b-value                  | 0, 1000                                     |
 +| Number of directions     | 64 (256 possible with a larger TA)                                        |
 +| FOV                      | 192 mm x 192 mm                                       |
 +| Matrix                   | 96 x 96                                     |
 +| Resolution               | 2 mm isotropic                                                |
 +| TR                       | 7800 ms                                                       |
 +| TE                       | 90 ms                                                       |
 +| Flip angle               |                                                          | 
 +| Parallel imaging         | GRAPPA \\ Acceleration factor PE: 2 \\ Reference lines PE: 24 |
 +
 +
 +===== BOLD fMRI =====
 +T<sub>2*</sub>-weighted EPI sequences with BOLD contrast
 +
 +==== Standard fMRI ====
 +Functional MRI with 3 mm isotropic spatial resolution
 +
 +=== EPI_Standard ===
 +Standard fMRI, 2 s per volume
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 2 s (per volume)                                              |
 +| Type                     | 2D                                                            |
 +| Slices                   | 32                                                            |
 +| Slice thickness          | 3 mm                                                          |
 +| Slice gap                | 25% (0.75 mm)                                                 |
 +| Slice order              | Descending (32 - 1)                                           |
 +| FOV                      | 192 mm x 192 mm                                               |
 +| Matrix                   | 64 x 64                                                       |
 +| Resolution               | 3 mm x 3 mm                                                   |
 +| TR                       | 2000 ms                                                       |
 +| TE                       | 30 ms                                                         |
 +| Flip angle               | 78 deg                                                        | 
 +| Bandwidth                | 2112 Hz/Px                                                    | 
 +| Echo spacing             | 0.54 ms                                                       | 
 +
 +=== EPI_Standard_1s ===
 +Standard fMRI, 1 s per volume with reduced brain coverage
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 1 s (per volume)                                              |
 +| Slices                   | 16                                                            |
 +| Slice order              | Descending (16 - 1)                                           |
 +| TR                       | 1000 ms                                                       |
 +| Bandwidth                | 2232 Hz/Px                                                    | 
 +| Echo spacing             | 0.51 ms                                                       | 
 +Other parameters are those of EPI_Standard.
 +
 +==== High Resolution fMRI ====
 +Functional MRI with 2 mm isotropic or higher spatial resolution
 +
 +=== EPI_HighRes_2iso ===
 +fMRI with 2 mm isotropic spatial resolution, 2 s per volume. Keep in mind that the thinner slices leads to reduced brain coverage!
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 2 s (per volume)                                              |
 +| Type                     | 2D                                                            |
 +| Slices                   | 32                                                            |
 +| Slice thickness          | 2 mm                                                          |
 +| Slice gap                | 25% (0.5 mm)                                                  |
 +| Slice order              | Descending (32 - 1)                                           |
 +| FOV                      | 192 mm x 192 mm                                               |
 +| Matrix                   | 96 x 96                                                       |
 +| Resolution               | 2 mm x 2 mm                                                   |
 +| TR                       | 2000 ms                                                       |
 +| TE                       | 30 ms                                                         |
 +| Flip angle               | 78 deg                                                        | 
 +| Bandwidth                | 1628 Hz/Px                                                    | 
 +| Echo spacing             | 0.7 ms                                                        | 
 +| Parallel imaging         | GRAPPA \\ Acceleration factor PE: 2 \\ Reference lines PE: 48 |
 +
 +=== EPI_HighRes_2iso_WholeBrain ===
 +fMRI with 2 mm isotropic spatial resolution, 40 slices for a whole brain coverage. Keep in mind that acquiring more slices leads to longer acquisition time!
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 2.5 s (per volume)                                            |
 +| Slices                   | 40                                                            |
 +| TR                       | 2500 ms                                                       |
 +Other parameters are those of EPI_HighRes_2iso.
 +
 +=== EPI_HighRes_2iso_LargerFOV ===
 +fMRI with 2 mm isotropic spatial resolution, with a FOV of 205 mm for patricipants with larger head. Keep in mind that acquiring slices with larger FOV leads to slightly fewer slices thus slightly more reduced brain coverage!
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Slices                   | 30                                                            |
 +| FOV                      | 205 mm x 205 mm                                               |
 +| Matrix                   | 102 x 102                                                     |
 +| Bandwidth                | 1400 Hz/Px                                                    | 
 +| Echo spacing             | 0.8 ms                                                        | 
 +Other parameters are those of EPI_HighRes_2iso.
 +
 +=== EPI_HighRes_1.5x1.5x2mm ===
 +fMRI with 1.5 mm in-plane (highest achievable) spatial resolution, 2 s per volume. Keep in mind that acquiring slices with higher resolution leads to slightly fewer slices thus slightly more reduced brain coverage!
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 2 s (per volume)                                              |
 +| Slices                   | 28                                                            |
 +| Matrix                   | 128 x 128                                                     |
 +| Resolution               | 1.5 mm x 1.5 mm                                               |
 +| Bandwidth                | 1502 Hz/Px                                                    | 
 +| Echo spacing             | 0.75 ms                                                       | 
 +Other parameters are those of EPI_HighRes_2iso.
 +
 +===== Fieldmap =====
 +Magnetic field mapping sequences required to 
 +  * undistort EPI data (e.g. fMRI, DWI)
 +  * measure functional sensitivity
 +
 +:!: It has to be acquired with the same geometry (FOV, resolution, alignment, slice centre) as the EPI data! :!:
 +
 +==== Standard Fieldmap ====
 +Fieldmap with 3 mm isotropic spatial resolution. It matches with Standard fMRI sequences.
 +
 +=== Fieldmapping ===
 +Dual-echo fieldmap
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 54 s                                                          |
 +| Type                     | 2D                                                            |
 +| Slices                   | 32                                                            |
 +| Slice thickness          | 3 mm                                                          |
 +| Slice gap                | 25% (0.75 mm)                                                 |
 +| FOV                      | 192 mm x 192 mm                                               |
 +| Matrix                   | 64 x 64                                                       |
 +| Resolution               | 3 mm x 3 mm                                                   |
 +| TR                       | 400 ms                                                        |
 +| TE                       | 5.19 ms, 7.65 ms                                              |
 +| Flip angle               | 60 deg                                                        | 
 +==== High Resolution Fieldmaps ====
 +
 +Fieldmaps 2 mm isotropic or higher spatial resolution. They match with High resolution fMRI sequences.
 +
 +=== Fieldmapping_2iso ===
 +High resolution dual-echo fieldmap
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 1 m 19 s                                                      |
 +| Type                     | 2D                                                            |
 +| Slices                   | 32                                                            |
 +| Slice thickness          | 2 mm                                                          |
 +| Slice gap                | 25% (0.5 mm)                                                  |
 +| FOV                      | 192 mm x 192 mm                                               |
 +| Matrix                   | 96 x 96                                                       |
 +| Resolution               | 2 mm x 2 mm                                                   |
 +| TR                       | 400 ms                                                        |
 +| TE                       | 5.19 ms, 7.65 ms                                              |
 +| Flip angle               | 60 deg                                                        | 
 +
 +=== Fieldmapping_2iso_WholeBrain ===
 +High resolution dual-echo fieldmap with whole brain coverage
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 1 m 26 s                                                      |
 +| Slices                   | 40                                                            |
 +| TR                       | 437 ms                                                        |
 +Other parameters are those of Fieldmapping_2iso. 
 +
 +=== Fieldmapping_2iso_LargerFOV ===
 +High resolution dual-echo fieldmap with larger FOV
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 1 m 24 s                                                      |
 +| Slices                   | 30                                                            |
 +| FOV                      | 205 mm x 205 mm                                               |
 +| Matrix                   | 102 x 102                                                     |
 +Other parameters are those of Fieldmapping_2iso.
 +
 +=== Fieldmapping_1.5x1.5x2mm ===
 +High resolution dual-echo fieldmap with our highest achievable in-plane resolution
 +
 +^ Parameter                ^ Value                                                         ^
 +| Acquisition time         | 1 m 45 s                                                      |
 +| Slices                   | 32                                                            |
 +| Matrix                   | 128 x 128                                                     |
 +| Resolution               | 1.5 mm x 1.5 mm                                               |                                          | 
 +Other parameters are those of Fieldmapping_2iso.
 +
  
mri-sequences.1677157863.txt.gz · Last modified: 2023/02/23 13:11 by jonas
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